Le Conseil d’administration (CA), en concertation avec les membres du Bureau Exécutif élu par ce dernier, décide des orientations stratégiques de la Fédération euro-méditerranéenne contre les disparitions forcées (FEMED) et évalue les actions de celle-ci.
Le CA est composé au maximum de neuf membres et doit refléter une parité. Un siège est réservé à chacune des associations membres fondatrices de la Fédération. Il se réunit au moins une fois par an sur convocation de la Présidente.
Le CA de la FEMED s’est ainsi réuni :
- en mai 2007 à Beyrouth (Liban),
- en décembre 2008 à Istanbul (Turquie),
- en juin 2009 à Alger (Algérie),
- en mars 2010 à Genève (Suisse),
- en avril 2011 à Paris (France),
- en novembre 2011 à Barcelone (Espagne),
- en décembre 2012 à Beyrouth (Liban),
- en novembre 2013 à Beyrouth (Liban),
- en décembre 2014 à Casablanca (Maroc).